Wann die Burg entstanden ist, lässt sich nicht genau ermitteln. Im Jahre 1252 stand in Niederwerrn "nur die Burg" wie es in der Niederwerrner Chronik heißt, d.h. Oberwerrn wurde das Dorf und Niederwerrn die Burg genannt. "Die Burg entstand, und es folgte das Suburbium", also das Dorf Niederwerrn.
 

Die meisten Burgen Deutschlands wurden im 13. Jahrhundert errichtet, so auch die Wiesenburg in Niederwerrn. Der Historiker Gerhard Bach führt einige geschichtliche Fakten an, schließt daraus auf den Bau der Burg und meint, "in den Folgejahren nach 1235 dürfte dies geschehen sein", also frühestens 1236. Für seine These sprechen noch einige zusätzliche Indizien.

Der Erbauer der Burg ist unbekannt. Auftraggeber dürfte der Bischof von Würzburg gewesen sein. In der Folgezeit war die Burg im Besitz verschiedener Rittergeschlechter, z.B. der Herren von Wenkheim, bis es am 14. April 1420 der Familie von Münster gelingt, "ihre Ansprüche auf das Niederwerrner Schloß durchzusetzen" (Chronik Niederwerrn).

Die großen Bewegungen des 16. Jahrhunderts gingen an Niederwerrn nicht spurlos vorüber. Die Burg "Wern" wurde im Bauernkrieg zerstört und im 16. Jahrhundert wieder aufgebaut.