Im Laufe des 16. Jahrhunderts zogen jüdische Familien nach Niederwerrn. Die hiesigen Juden standen unter der Schutzherrschaft der Herren von Münster, denn sie waren vermögend und brachten viel Geld. 1786 erbauten die Juden eine eigene Synagoge im Stile des Barock, die heutige Bibliothek. 1839 wurde Niederwerrn Sitz eines Distrikt-Rabbiners, doch bereits drei Jahrzehnte später wurde der Sitz nach Schweinfurt verlegt.

Während des Novemberpogroms von 1938 verwüsteten SS/SA-Angehörige aus Schweinfurt Häuser jüdischer Familien. Hier viel auch die Synagoge zum Opfer. Die komplette Inneneinrichtung mit samt der alten, wertvollen Ritualgegenstände wurden zerstört.

Im Januar 1981 wurde die Gemeindebibliothek in der Hainleinstraße feierlich eröffnet.Bis zum Jahr 2001 war die Bibliothek dort auf zwei Etagen untergebracht. Nachdem die Räumlichkeiten für die weitere Expansion nicht ausreichend waren, wurde die ehemalige Synagoge erworben und aufwändig saniert.

Der Umbau der alten Synagoge startete im Juni 1999, der Umbau des Vorplatzes begann im Mai 2000. Nach dem Bezug der neuen Räumlichkeiten Mitte 2001 konnte die Nachfrage jährlich weiter gesteigert werden. Aktuell stehen insgesamt 27.165 Medien zur Verfügung. Pro Jahr können Rund 100.000 Entleihungen gezählt werden.

Die Bibliothek bietet zudem jedes halbe Jahr ein spannendes Veranstaltungsprogramm an. An die jüdische Gemeinde in Niederwerrn erinnert eine Gedenktafel an der Gemeindebibliothek.